1、抗菌。有广谱的抗菌作用，对各型痢疾杆菌的抑制作用尤强。在黄连解毒汤中黄连、黄柏的抗菌活性有协同作用。本品对结核杆菌、钩端螺旋体有较强的抑制和杀灭作用。本品对多种真菌、滴虫有显著的抑制作用。本品有抗流感病毒的作用，对乙肝表面抗原有明显的选择性抑制作用。其机制与其对细菌呼吸和RNA合成的强烈抑制有关，还能明显减少金葡菌毒素的生成并促进白细胞对细菌的吞噬。
2、降压。本品有显著的降压效果。其所含的多种生物碱如小檗碱、黄柏碱、巴马亭、药根碱、木兰花碱均有降压作用。其降压机制与阻断神经节、抑制血管中枢、抗交感神经介质有关。
3、对消化系统的影响。本品对实验性溃疡有显著的保护作用。其抗溃疡活性比小檗碱为强。黄柏、小檗碱、黄柏酮能兴奋肠平滑肌，促进肠管收缩；黄柏内酯能使肠管弛缓。本品对胰蛋白酶活性有显著的抑制功效，此作用与小檗碱无关。
4、利胆。本品有利胆作用，能促进胆汁和胰液分泌，促进胆红素排出。
5、镇咳作用。黄柏果实的挥发具有镇咳作用，其镇咳成分主要为香叶烯。并从挥发油中分得小檗碱和5，5—二甲基糠醛醚。
6、泻火除蒸。用于治疗湿热泻痢、黄疸，黄檗易去除大肠湿热以治泻痢；还可治愈骨蒸劳热，盗汗，遗精症状，黄檗主入肾经可以退骨蒸，用来治疗阴虚火旺，潮热盗汗、腰酸遗精等症，如黄柏与知母、地黄、山药等配伍的知柏地黄丸（《医宗金鉴》）。